Trước đây, xã Quốc Toản vốn thuộc huyện Quảng Uyên, tỉnh Cao Bằng.

    Ngày 8 tháng 3 năm 1967, Hội đồng Chính phủ ra Quyết định 27-CP sáp nhập hai huyện Phục Hòa và Quảng Uyên thành huyện Quảng Hòa. Xã Quốc Toản thuộc huyện Quảng Hòa.

    Ngày 10 tháng 6 năm 1981, xã Quốc Toản được chuyển về huyện Trà Lĩnh quản lý.

    Ngày 13 tháng 12 năm 2001, huyện Quảng Hòa lại tách thành hai huyện Quảng Uyên và Phục Hòa.

    Đến năm 2019, xã Quốc Toản được chia thành 14 xóm: Cao Xuyên, Cốc Phát, Bản Danh, Khau Rặc, Lũng Đẩy Dưới, Lũng Đẩy Trên, Lũng Giang, Lũng Úc - Lũng Lẹng, Lũng Riệc, Lũng Sặp, Lũng Táo, Nhòm Nhèm, Pác Vầu, Bản Quang.

    Ngày 9 tháng 9 năm 2019, sáp nhập hai xóm Cốc Phát và Pát Vầu thành xóm Cốc Phát - Pác Vầu, sáp nhập hai xóm Nhòm Nhèm và xóm Lũng Đẩy Dưới thành xóm Nhòm Nhèm - Lũng Đẩy, sáp nhập xóm Lũng Sặp vào xóm Khau Rặc, sáp nhập hai xóm Lũng Giang và Lũng Đẩy Trên thành xóm Lũng Đẩy, sáp nhập hai xóm Lũng Riệc và Lũng Úc - Lũng Lẹng vào xóm Bản Quang, sáp nhập hai xóm Bản Danh và Lũng Táo thành xóm Bản Danh - Lũng Táo.

    Ngày 11 tháng 2 năm 2020, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 897/NQ-UBTVQH14 về việc sắp xếp các đơn vị hành chính cấp huyện và đổi tên đơn vị hành chính cấp xã thuộc tỉnh Cao Bằng (nghị quyết có hiệu lực từ ngày 1 tháng 3 năm 2020)[2]. Theo đó: Giải thể huyện Trà Lĩnh, sáp nhập xã Quốc Toản với hai huyện Quảng Uyên và Phục Hòa để tái lập huyện Quảng Hòa.